Háskólinn á Bifröst er sjálfseignarstofnun. Æðsta stjórn skólans er í höndum háskólastjórnar sem í sitja fimm einstaklingar. Menntamálaráðherra skipar einn, hollvinasamtök háskólans skipa einn, háskólaráð Háskólans og Bifröst skipar einn og Samtök atvinnulífsins skipa tvo. Við skipun skal þess gætt að meirihluti aðalmanna og varamanna sé hvorki í námi né föstum störfum við háskólann.
Háskólastjórn hefur yfirumsjón og eftirlit með öllum málefnum, eignum og rekstri háskólans í samráði við rektor. Hún ræður rektor til starfa og ákvarðar um starf hans og önnur stjórnunarstörf við skólann. Hún skipar dómnefndir vegna rektors- og kennararáðninga og vegna starfsframa kennara ef þurfa þykir. Ásamt rektor ræður hún kennara og ákvarðar um störf þeirra samkvæmt nánari ákvæðum í reglugerð. Hún afgreiðir rekstraráætlun og ársreikning skólans og lætur gera ráðstafanir til að tryggja nauðsynlegt rekstrarfé. Rektor situr fundi háskólastjórnar með málfrelsi og tillögurétti, svo og aðrir þeir sem háskólastjórn ákveður.
Háskólastjórn ræður rektor. Rektor fer með stjórn allrar starfsemi og málefna háskólans í umboði háskólastjórnar. Rektor kemur fram fyrir hönd skólans gagnvart starfsmönnum og nemendum og út á við. Í samráði við háskólaráð ábyrgist rektor, að öll starfsemi sé í samræmi við samþykkt og reglugerð. Í dag eru þrjár háskóladeildir starfræktar við skólann: viðskiptadeild, lagadeild og félagsvísindadeild auk frumgreinadeildar. Þrjú stoðsvið vinna þvert á þessar deildir; kennslusvið, húsnæðissvið og fjármálasvið.
Samkvæmt nánari ákvæðum í reglugerð skal háskólaráð ákvarða um stefnumörkun háskólans á sviði kennslu og rannsókna. Háskólaráð fjallar um gæðamat á kennslu og starfsskrá háskólaársins. Háskólaráð er æðsta vald í innri málum háskólasamfélagsins; þar sitja rektor, deildarforsetar, einn fulltrúi fastráðinna kennara úr hverri deild, einn fulltrúi annarra starfsmanna háskólans, einn fulltrúi nemenda í hverri deild háskólans og formaður hagsmunasamtaka nemenda. Án atkvæðisréttar sitja í háskólaráði, sviðstjóri kennslu, sviðstjóri húsnæðis og sviðstjóri fjármála auk fulltrúa frumgreinadeildar og fulltrúa hagsmunasamtaka íbúa. Rektor er formaður ráðsins og falli atkvæði jöfn ræður atkvæði rektors.